Wstęp. Przeszczepienie komórek krwiotwórczych jest procedurą leczniczą skuteczną w wielu chorobach hematologicznych. Cel. Celem pracy było porównanie wpływu profilaktyki przeciwbakteryjnej niewchłanialną z przewodu pokarmowego rifaksyminą i działającą ogólnoustrojowo cyprofloksacyną na powikłania infekcyjne u chorych leczonych przeszczepieniem komórek krwiotwórczych. Materiał i metody. 40 chorych otrzymało cyprofloksacynę, a 31 rifaksyminę w profilaktyce przeciwbakteryjnej. Porównano częstość występowania gorączki, bakteriemii, posocznicy, zapalenia płuc, fungemii, liczbę stosowanych antybiotyków i czas ich stosowania, częstość występowania oporności na cyprofloksacynę oraz obecności szczepów wielolekoopornych. Wyniki. W grupie z cyprofloksacyną istotnie krócej stosowano antybiotyki (7 vs 10 dni). W przypadku bakteriemii w grupie z ciprofloksacyną stwierdzono 100% oporność na ciprofloksacynę, a w grupie z rifaksyminą – 30%. Bakterie wielolekooporne stwierdzano częściej w grupie z cyprofloksacyną. Pozostałe oceniane parametry były w obu grupach porównywalne. Wnioski. Skuteczność rifaksyminy i cyprofloksacyny w profilaktyce powikłań infekcyjnych w ocenianej grupie chorych wydaje się porównywalna. Duża oporność bakterii na cyprofloksacynę u badanych osób mogła być czynnikiem ograniczającym skuteczność profilaktyki cyprofloksacyną.