Autofagia jest konserwatywnym procesem polegającym na lizosomalnym trawieniu uszkodzonych organelli komórkowych, patogenów i niefunkcjonalnych białek, co warunkuje utrzymanie równowagi komórkowej. Proces ten stanowi alternatywne źródło energii dla komórki w warunkach stresowych indukowanych głodzeniem, czynnikami chemicznymi czy niedotlenieniem. W ostatnich latach wzrosło zainteresowanie autofagią, a jej dysfunkcjonalność uznawana jest za jeden z czynników sprzyjających rozwojowi zróżnicowanych jednostek chorobowych. Prawdopodobieństwo występowania chorób, takich jak nowotwory, choroby układu sercowo-naczyniowego czy choroby neurodegeneracyjne wzrasta wraz z wiekiem, a proces autofagii ulega hamowaniu w starzejącym się organizmie, co dodatkowo wskazuje na udział upośledzonej autofagii w patogenezie wielu chorób. W związku z tym, działania ukierunkowane na modyfikację szlaków związanych z autofagią wskazywane są jako potencjalne narzędzie terapeutyczne. W niniejszym przeglądzie prezentujemy wybrane choroby, których przyczyn upatruje się w zaburzonej autofagii, wskazujemy także potencjalne możliwości terapeutyczne oraz podkreślamy dychotomiczną rolę autofagii, szczególnie w procesie nowotworzenia.