Mikrobiom jelitowy odgrywa fundamentalną rolę w rozwoju dziecka, wpływając na regulację metabolizmu, dojrzewanie układu odpornościowego oraz rozwój układu nerwowego od najwcześniejszych etapów życia. Coraz więcej dowodów wskazuje, że zaburzenia składu mikrobioty jelitowej są powiązane z występowaniem chorób wieku dziecięcego, w tym otyłości, chorób alergicznych, schorzeń autoimmunologicznych, zaburzeń neurorozwojowych oraz patologii przewodu pokarmowego. Niniejszy artykuł podsumowuje aktualny stan wiedzy na temat rozwoju mikrobiomu jelitowego u dzieci, głównych czynników środowiskowych i biologicznych kształtujących jego skład, a także charakterystycznych wzorców mikrobiologicznych związanych z chorobami, opisanych w najnowszym piśmiennictwie. Szczególną uwagę poświęcono mechanizmom obejmującym modulację odpowiedzi immunologicznej, funkcję bariery jelitowej, rolę metabolitów bakteryjnych oraz komunikację w osi mikrobiota–jelito–mózg. Na zakończenie omówiono potencjalną rolę probiotyków jako strategii terapeutycznej ukierunkowanej na mikrobiom, podkreślając zarówno ich obiecujące możliwości kliniczne, jak i ograniczenia. Ogólnie rzecz biorąc, mikrobiom jelitowy dzieci jawi się jako modyfikowalny czynnik warunkujący zdrowie, co uzasadnia potrzebę dalszych badań podłużnych i interwencyjnych.